Versuch mal wenn du kannst mit dem programm durch zu scannen
http://www.malwarebytes.org/mbam.php (die gratis Version reicht) hatte sowas ähnliches wo mein ganzer Desktop verschwand und nur das Hintergrundbild war da, nach ca 15sek kam es dann wieder und verschwand aber wieder die ganze Zeit. Bei mir wars ein Virus und durch googeln bin ich auf dieses Programm gestossen was es dann auch entfernen konnte.
Wiederherstellungs Punkt etc ging alles nicht bei mir, sogar im Abgesicherten Modus war der Mist da.