Das kannst du machen, wie du lustig bist.
Wenn du natürlich vor der nächsten Mission alle anderen verfügbaren Planeten eroberst, hast du es in den Missionen wesentlich leichter, da du über mehr Ressourcen und vor allem mehr Kommandopunkte für eine größere Flotte verfügst.
Wenn du allerdings die Hardcorevariante spielen willst, dann springe direkt von Mission zu Mission.